N-α-Benzoyl-L-arginine methyl ester hydrochloride ใช้เป็นสารตั้งต้นในกระบวนการสังเคราะห์ทางเคมี โดยเฉพาะในการผลิตสารประกอบที่เกี่ยวข้องกับกรดอะมิโนและเปปไทด์ นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาทางชีวเคมีและเภสัชวิทยา เพื่อทำความเข้าใจกลไกการทำงานของเอนไซม์ เช่น เอนไซม์โปรตีเอส ซึ่งมีบทบาทสำคัญในกระบวนการทางชีวภาพหลายอย่าง นอกจากนี้ ยังสามารถใช้ในการวิจัยทางด้านการพัฒนายา เพื่อทดสอบประสิทธิภาพและความปลอดภัยของสารประกอบใหม่ก่อนนำไปใช้ในทางการแพทย์