Fmoc-β-Cyclohexyl-L-alanine นิยมใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการ Solid-phase peptide synthesis (SPPS) เนื่องจากกลุ่ม Fmoc (Fluorenylmethyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันที่สามารถกำจัดออกได้ง่ายด้วยเบส ช่วยให้การสร้างสายเปปไทด์เป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพ โดยทำหน้าที่เป็นหน่วยย่อยสำหรับนำ β-cyclohexyl-L-alanine เข้าสู่สายเปปไทด์ ซึ่งช่วยเพิ่มความหลากหลายทางโครงสร้างและความเสถียรของเปปไทด์ สารนี้มีคุณค่าต่อการพัฒนายาเปปไทด์ โดยสามารถปรับปรุงคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ เช่น การดูดซึมทางชีวภาพและความต้านทานต่อการย่อยสลายโดยเอนไซม์ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยเพื่อศึกษาการโต้ตอบและพฤติกรรมเชิงโครงสร้างของเปปไทด์ ซึ่งช่วยในการออกแบบยารักษาใหม่และวัสดุชีวภาพ การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่การสังเคราะห์ peptidomimetics ซึ่งเลียนแบบเปปไทด์ธรรมชาติแต่มีเสถียรภาพและกิจกรรมที่เพิ่มขึ้น รวมถึงโครงสร้าง cyclohexyl ในโมเลกุลที่ช่วยเพิ่มความเสถียรและความเฉพาะเจาะจงของเปปไทด์ที่สังเคราะห์ขึ้น มักถูกนำไปใช้ในงานวิจัยทางเภสัชวิทยาและการพัฒนายา เพื่อสร้างเปปไทด์ที่มีคุณสมบัติทางชีวภาพเฉพาะตัว