ใช้เป็นสารเชื่อมในปฏิกิริยาการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะปฏิกิริยาการจับคู่ข้ามแบบซูซูกิ-มิยาอูระ (Suzuki-Miyaura cross-coupling reactions) สารนี้ทำหน้าที่เป็นแหล่งที่เสถียรและจัดการง่ายของกลุ่ม 2-เมทอกซีเอทิล ช่วยให้เกิดการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนในสารกลางของเภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร โครงสร้าง trifluoroborate ให้ความเสถียรที่เพิ่มขึ้นและความเป็นพิษที่ลดลงเมื่อเทียบกับกรดบอโรนิกแบบดั้งเดิม ทำให้เหมาะสำหรับการฟังก์ชันนาไลเซชันในขั้นตอนสุดท้ายของการสังเคราะห์โมเลกุลซับซ้อน สามารถละลายได้ในตัวทำละลายน้ำและตัวทำละลายอินทรีย์ ช่วยให้มีสภาวะปฏิกิริยาที่ยืดหยุ่นและกระบวนการทำให้บริสุทธิ์ที่มีประสิทธิภาพ