ซัลโฟนิลฟลูออไรด์เป็นสารเคมีหลักในปฏิกิริยาสังเคราะห์อินทรีย์ที่ทำหน้าที่เป็นสาร electrophilic สำคัญ ช่วยในการสร้างซัลโฟนาไมด์ ซัลโฟเนต และโครงสร้างที่มีกำมะถันอื่นๆ ผ่านปฏิกิริยาการแทนที่นิวคลีโอฟิลิกภายใต้สภาวะอ่อนโยน