คลอไรด์อิมีดอยล์เป็นสารกลางที่ทำปฏิกิริยาได้หลากหลายในสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างโครงสร้างที่มีไนโตรเจนสูง รวมถึงอะมีดีน กวานิดีน และระบบเฮเตอร์โรไซคลิกหลากชนิดที่จำเป็นสำหรับการพัฒนายาและสารเคมีเกษตร