เอสเตอร์เอนามีนเป็นตัวกลางที่หลากหลายใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบเฮเทอโรไซคลิกและยา โดยอำนวยความสะดวกในการเกิดปฏิกิริยาเช่น การควบแน่นและการสร้างวงแหวนเพื่อก่อตัววงแหวนที่มีไนโตรเจนซึ่งจำเป็นสำหรับการพัฒนายา