ไอโอโดอะซิติก แอนไฮไดรด์ ใช้หลักในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ในฐานะรีเอเจนต์ที่หลากหลายสำหรับการนำกลุ่มไอโอโดอะซิติลเข้าสู่โมเลกุลต่างๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีคุณค่าต่อการปรับเปลี่ยนโปรตีน เพปไทด์ และชีวโมเลกุลอื่นๆ ซึ่งช่วยในการสร้างพันธะโคเวเลนต์กับกลุ่ม thiol เพื่อการศึกษากโครงสร้างและหน้าที่ของโปรตีน นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมอนุพันธ์ไอโอโดอะซิติไมด์ ซึ่งมีประโยชน์ในการวิจัยทางชีวเคมีสำหรับการติดฉลากและการเชื่อมขวาง นอกจากนี้ ความตอบสนองต่อนิวคลีโอไฟล์ยังทำให้เป็นส่วนประกอบสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ที่ซับซ้อน รวมถึงเภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร