เฮกซานอยล์คลอไรด์ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีหลายชนิด โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมผลิตสารเคมีอินทรีย์ ใช้ในการผลิตสารประกอบเอไมด์และเอสเทอร์ ซึ่งเป็นส่วนสำคัญในกระบวนการผลิตพอลิเมอร์และสารเคลือบผิว นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมยาเพื่อสังเคราะห์ยาชนิดต่าง ๆ รวมถึงใช้เป็นรีเอเจนต์ในห้องปฏิบัติการสำหรับการปรับเปลี่ยนสารเคมีในขั้นตอนต่าง ๆ ของการวิจัยและพัฒนา