2-Bromo-6-fluorobenzoyl chloride ใช้หลักๆ เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการผลิตยาและสารเคมีเกษตร กลุ่ม acyl chloride ที่ตอบสนองสูงทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างพันธะ amide หรือ ester ซึ่งจำเป็นในการพัฒนาส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) มักใช้ในการสังเคราะห์โมเลกุลซับซ้อน เช่น ยับยั้งหรือสารแอนตากอนิสต์ตัวรับ เนื่องจากความสามารถในการนำ substituent โบรโมและฟลูออโรเข้าสู่ระบบอะโรมาติก นอกจากนี้ ยังเป็นบล็อกก่อสร้างในการสร้างสารเคมีพิเศษและสารเคมีละเอียด โดยโครงสร้างฮาโลเจนไนต์ช่วยเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพหรือความเสถียรของผลิตภัณฑ์สุดท้าย การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่การวิจัยและพัฒนา ซึ่งใช้ในการศึกษาปฏิกิริยาเคมีและการออกแบบสารประกอบใหม่