กรดไฮโดรไอโอดิกถูกใช้เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาการแทนที่ของแอลกอฮอล์ให้กลายเป็นไอโอไดด์อัลคิล ซึ่งมีความสำคัญในการผลิตสารตั้งต้นทางเคมีและยาบางชนิด นอกจากนี้ยังใช้ในการกำจัดกลุ่มเมทอกซีในโมเลกุลออร์แกนิก ซึ่งเป็นขั้นตอนสำคัญในการสังเคราะห์สารธรรมชาติ เช่น แอลคาลอยด์ ในอุตสาหกรรม เคมีภัณฑ์นี้ใช้ในการผลิตสารไอโอดีนต่าง ๆ รวมถึงการฟื้นฟูตัวเร่งปฏิกิริยาที่มีไอโอดีนเป็นส่วนประกอบ ยังพบการใช้งานในห้องปฏิบัติการเพื่อการวิเคราะห์ปริมาณของออกซิเจนในสารอินทรีย์ และใช้ในการทำให้เกิดการไฮโดรไลซิสของไกลโคไซด์ในงานวิจัยด้านชีวเคมี