กรดไตรฟลูออโรเมทเทนซัลโฟนิกใช้เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาในกระบวนการทางเคมีหลายชนิด โดยเฉพาะในปฏิกิริยาออกซิเดชันและไฮโดรไลซิส เนื่องจากมีความเป็นกรดสูงและเสถียรภาพดี นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมอิเล็กทรอนิกส์สำหรับการผลิตสารเคลือบและสารทำความสะอาดพื้นผิว เนื่องจากสามารถละลายได้ดีในตัวทำละลายอินทรีย์และไม่ทิ้งสารตกค้างที่เป็นอันตราย อีกทั้งยังใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมีเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความเร็วของปฏิกิริยา