ฟอสฟอรัสกรดถูกใช้อย่างแพร่หลายในเกษตรกรรมในฐานะสารกำจัดเชื้อราเพื่อควบคุมโรคพืชต่างๆ โดยเฉพาะโรคที่เกิดจากโอมัยซีตส์ เช่น Phytophthora และ Pythium มันช่วยป้องกันและรักษาโรค เช่น รากเน่า โรคแป้งลง และโรคใบไหม้ ในพืชผล เช่น มันฝรั่ง มะเขือเทศ และองุ่น นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์ฟอสไฟต์ ซึ่งนำมาใช้เป็นปุ๋ยเพื่อเพิ่มความต้านทานของพืชต่อเชื้อก่อโรคและปรับปรุงการดูดซึมสารอาหาร ในด้านอุตสาหกรรม มันทำหน้าที่เป็นสารรีดิวซ์ในปฏิกิริยาเคมีและใช้ในการผลิตฟอสโฟเนต ซึ่งเป็นส่วนประกอบสำคัญในกระบวนการบำบัดน้ำเพื่อยับยั้งการเกิดตะกรันและการกัดกร่อน บทบาทในการทำให้พอลิเมอร์คงตัวและเป็นสารกลางในการผลิตสารประกอบฟอสฟอรัสอื่นๆ ยิ่งเน้นย้ำถึงความหลากหลายของมัน