กรดเปอร์ไอโอดิกใช้อย่างแพร่หลายในเคมีอินทรีย์สำหรับการตัดออกซิเดชันของไดออลแบบวิซินัล ซึ่งช่วยในการแปลง 1,2-ไดออลเป็นอัลดีไฮด์หรือคีโตน ปฏิกิริยานี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในเคมีคาร์โบไฮเดรตสำหรับการกำหนดโครงสร้างของน้ำตาล ยังใช้ในฮิสโตโลจีเป็นสารย้อมสีเพื่อแสดงภาพพอลิแซคคาไรด์ เช่น ไกลโคเจน ในตัวอย่างเนื้อเยื่อ นอกจากนี้ กรดเปอร์ไอโอดิกใช้ในการสังเคราะห์ยาบางชนิดและในการเตรียมวัสดุพิเศษที่ต้องการการออกซิเดชันแบบเลือก性 คุณสมบัติการออกซิเดชันที่แรงทำให้มีประโยชน์ในเคมีวิเคราะห์สำหรับการกำหนดสารประกอบอินทรีย์ต่างๆ