โบรอนไตรฟลูออไรด์ไดไฮเดรตถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นตัวเร่งปฏิกิริยาในปฏิกิริยาการสังเคราะห์อินทรีย์ต่างๆ มีประสิทธิภาพโดยเฉพาะในการส่งเสริมกระบวนการพอลิเมอริเซชัน เช่น การผลิตโพลีออลและเรซิน ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม ทำหน้าที่เป็นสารเคมีสำหรับการสังเคราะห์โมเลกุลที่ซับซ้อน รวมถึงส่วนประกอบเภสัชภัณฑ์ที่ใช้งาน นอกจากนี้ ยังใช้ในการเตรียมสารประกอบที่มีโบรอน ซึ่งจำเป็นในวิทยาศาสตร์วัสดุและอิเล็กทรอนิกส์ ความสามารถในการทำหน้าที่เป็นกรดลิวอิสที่แข็งแรงทำให้มีคุณค่าในการเกิดเอสเทอร์และปฏิกิริยาอัลคิเลชัน เพิ่มประสิทธิภาพและความเลือกของปฏิกิริยา