5-Fluoro-2-methylbenzeneboronic acid ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการผลิตส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) มันมีบทบาทสำคัญในปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura cross-coupling ซึ่งช่วยให้เกิดการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนในโมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อน สารประกอบนี้มีคุณค่าต่อการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังโรคต่างๆ รวมถึงมะเร็งและโรคระบบประสาทส่วนกลาง นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการสร้างวัสดุอินทรีย์ขั้นสูงและโพลิเมอร์ กลุ่มโบรอนิกแอซิดของมันทำให้เป็นสารเคมีที่หลากหลายในงานสังเคราะห์อินทรีย์และการวิจัยเคมีเภสัชกรรม