ใช้ในการผลิตสีย้อม โดยเฉพาะสำหรับขนสัตว์และผ้าไหม ให้สีเหลืองสดใสถึงแดง ใช้ในการสังเคราะห์ยาและสารฆ่าเชื้อเนื่องจากคุณสมบัติต้านจุลชีพ ทำหน้าที่เป็นโปรบเรืองแสงในชีววิทยาโมเลกุลสำหรับศึกษากโครงสร้างและปฏิกิริยาของดีเอ็นเอ ใช้ในการวิจัยเป็นสารแทรกตัวเพื่อตรวจสอบการกลายพันธุ์และการแสดงออกของยีน นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนาสารประกอบทางโฟโตเคมีและในตัวยับยั้งการกัดกร่อนบางชนิด

ใช้แอคริดีนในงานวิจัยทางชีววิทยาและพันธุศาสตร์ โดยเฉพาะในการศึกษาโครงสร้างและหน้าที่ของดีเอ็นเอ เนื่องจากแอคริดีนสามารถแทรกตัว (intercalate) เข้าไประหว่างเบสคู่ของดีเอ็นเอ ทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงในโครงสร้างของดีเอ็นเอ ซึ่งนำไปสู่การศึกษาผลกระทบต่างๆ เช่น การกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์ (frameshift mutation) ที่ใช้ในการวิจัยกลไกการกลายพันธุ์

นอกจากนี้ อนุพันธ์ของแอคริดีน เช่น โปรฟลาวีน (proflavine) และอะคริฟลาวีน (acriflavine) ถูกใช้เป็นสารต้านจุลชีพในทางการแพทย์และสัตวแพทย์ สำหรับรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียและปรสิตบางชนิด โดยเฉพาะในรูปของยาทาหรือสารล้างแผล

ในงานวิเคราะห์ แอคริดีนยังใช้เป็นสารเรืองแสง (fluorescent probe) ในการตรวจสอบดีเอ็นเอในเทคนิคต่างๆ เช่น การอิเล็กโทรโฟรีซิส หรือการตรวจหาดีเอ็นเอในเซลล์ เนื่องจากสามารถเรืองแสงเมื่อจับกับดีเอ็นเอภายใต้แสงยูวี