ใช้เป็นตัวกลางในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตยาที่ต้องการโครงสร้างของกรดอะมิโนที่มีการป้องกันหมู่ฟังก์ชัน (protected amino acid derivatives) เพื่อควบคุมการเกิดปฏิกิริยาเฉพาะจุดในโมเลกุล นิยมใช้ในขั้นตอนการสร้างเปปไทด์หรือสารที่มีโครงสร้างซับซ้อน ซึ่งหมู่ Boc (tert-butoxycarbonyl) ทำหน้าที่ป้องกันหมู่อะมิโนไม่ให้ทำปฏิกิริยาก่อนเวลาอันควร และสามารถถอดหมู่นี้ออกได้ภายหลังภายใต้สภาวะกรดอ่อน ทำให้เหมาะสมกับการสังเคราะห์แบบขั้นตอนเดียว (stepwise synthesis)