ใช้อย่างแพร่หลายในการไบโอคอนจูเกชัน Cyanine3 NHS ester ใช้ติดฉลากกลุ่มอะมีนปฐมภูมิในโปรตีน เพปไทด์ และชีวโมเลกุลอื่นๆ สำหรับการตรวจจับด้วยฟลูออเรสเซนซ์ นิยมใช้ในกล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนซ์, flow cytometry และ immunostaining เพื่อแสดงภาพส่วนประกอบของเซลล์ การเรืองแสงสีส้มแดงที่สดใสทำให้เหมาะสำหรับการถ่ายภาพหลายสีเมื่อใช้คู่กับฟลูออโรไฟร์อื่นๆ กลุ่ม NHS ester ทำปฏิกิริยาอย่างมีประสิทธิภาพกับไลซีนและอะมีน N-เทอร์มินัล ภายใต้สภาวะอ่อนโยน ซึ่งช่วยให้สามารถติดฉลากในบัฟเฟอร์น้ำที่ pH ใกล้เคียงกับกลางได้ นอกจากนี้ยังใช้ในการติดฉลากกรดนิวคลีอิก โดยคอนจูเกตกับโอลิโกนิวคลีโอไทด์ที่แก้ไขด้วยอะมีน สำหรับใช้ใน hybridization assays และการวิเคราะห์ไมโครแอเรย์