ไพเพอรอกซาน ไฮโดรคลอไรด์ถูกนำมาใช้ในการศึกษาทางเภสัชวิทยาและสรีรวิทยา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในด้านระบบประสาทและหลอดเลือด มันถูกใช้เป็นสารยับยั้งตัวรับแอดรีเนอร์จิก (adrenergic receptor antagonist) เพื่อศึกษาการทำงานของระบบประสาทซิมพาเทติก นอกจากนี้ยังมีการใช้ในงานวิจัยเพื่อทำความเข้าใจเกี่ยวกับผลกระทบของสารต่อความดันโลหิตและอัตราการเต้นของหัวใจ ในอดีตยังเคยถูกใช้ในการวินิจฉัยโรคเกี่ยวกับต่อมหมวกไต แต่ปัจจุบันมีการใช้สารอื่นแทนในทางการแพทย์