ใช้ชุดภูมิคุ้มกันตกตะกอนนี้เพื่อแยกและทำให้โปรตีนเป้าหมายบริสุทธิ์จากตัวอย่างเซลล์หรือเนื้อเยื่อ โดยเฉพาะเมื่อต้องการศึกษาปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีนหรือตรวจสอบการแสดงออกของโปรตีนเฉพาะชนิด เทคนิคนี้เหมาะสำหรับการจับแอนติบอดีชนิดต่างๆ ได้อย่างมีประสิทธิภาพด้วยเม็ดแม่เหล็กที่เคลือบด้วยโปรตีน A และ G ซึ่งช่วยให้การแยกโปรตีนเป้าหมายทำได้ง่ายและรวดเร็ว หลังจากนั้นสามารถนำไปวิเคราะห์ต่อได้ด้วยเทคนิคต่างๆ เช่น เวสเทิร์นบลอต หรือแมสสเปกโตรเมตรี เหมาะสำหรับงานวิจัยด้านชีววิทยาโมเลกุล ชีววิทยาของเซลล์ และงานพัฒนาแอนติบอดี