สเตรปตาวิดินถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในงานชีวเทคโนโลยีและชีววิทยาโมเลกุล เนื่องจากมีความสัมพันธ์ที่แข็งแกร่งกับไบโอติน โดยเป็นส่วนประกอบสำคัญในเทคนิคการตรวจจับและการทำให้บริสุทธิ์ต่างๆ

ในเทคนิคอิมมูโนแอสเซย์ เช่น ELISA สเตรปตาวิดินถูกคอนจูเกตกับเอนไซม์หรือสีย้อมเรืองแสงเพื่อตรวจจับแอนติบอดีหรือโปรตีนที่ติดไบโอติน ทำให้สามารถระบุเป้าหมายได้อย่างละเอียดอ่อนและเฉพาะเจาะจงสูง

นอกจากนี้ยังจำเป็นในโครมาโทกราฟีแบบแอฟฟินิตี โดยใช้เม็ดบีดที่เคลือบสเตรปตาวิดินเพื่อแยกโมเลกุลที่ติดแท็กไบโอติน เช่น DNA, RNA หรือโปรตีน ออกจากส่วนผสมที่ซับซ้อน

ในการถ่ายภาพโมเลกุล สเตรปตาวิดินถูกนำมาใช้เพื่อส่งตัวแทนการถ่ายภาพ เช่น โพรบเรืองแสงหรือตัวติดตามรังสี สู่เซลล์หรือเนื้อเยื่อเฉพาะโดยการจับกับโมเลกุลเป้าหมายที่ติดไบโอติน

นอกจากนี้ สเตรปตาวิดินยังถูกนำมาใช้ในเทคโนโลยีไมโครอาร์เรย์ DNA และโปรตีน เพื่อยึดโพรบที่ติดฉลากไบโอติน ทำให้สามารถวิเคราะห์ข้อมูลทางพันธุกรรมหรือโปรตีโอมิกส์ในระดับสูง

คุณสมบัติการจับที่แข็งแกร่งทำให้สเตรปตาวิดินเป็นเครื่องมือที่หลากหลายในการวินิจฉัย การวิจัย และการพัฒนาการบำบัด