Cibacron Blue 3G-A ใช้อย่างแพร่หลายในชีวเคมีและชีววิทยาโมเลกุลสำหรับโครมาโตกราฟีแบบแอฟฟินิตี มันมีประสิทธิภาพสูงในการทำให้บริสุทธิ์โปรตีนและเอนไซม์ เช่น ดีไฮโดรเจเนส ไคเนส และอัลบูมิน เนื่องจากความสามารถในการจับเฉพาะกับไซต์ที่จับนิวคลีโอไทด์ สีย้อมนี้ยังใช้ในการแยกและทำให้บริสุทธิ์โมเลกุลชีวภาพ เช่น แอนติบอดีและกรดนิวคลีอิก นอกจากนี้ ยังใช้เป็นเครื่องมือในการศึกษาการโต้ตอบระหว่างโปรตีนกับลิแกนด์และจลนศาสตร์ของเอนไซม์ การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการทดสอบวินิจฉัยและการวิจัย ซึ่งช่วยในการระบุและแยกโมเลกุลชีวภาพเฉพาะ