3-Phosphonopropionic acid ใช้อย่างแพร่หลายเป็นสารยับยั้งการก่อตัวของตะกรันในกระบวนการบำบัดน้ำ โดยเฉพาะในระบบหล่อเย็นอุตสาหกรรมและหม้อต้ม ช่วยป้องกันการเกิดแคลเซียมคาร์บอเนตและตะกรันแร่ธาตุอื่นๆ ได้อย่างมีประสิทธิภาพ ส่งผลให้การถ่ายเทความร้อนมีประสิทธิภาพและยืดอายุการใช้งานของอุปกรณ์ ในภาคเกษตร ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารกำจัดวัชพืชและสารควบคุมการเจริญเติบโตของพืช ช่วยควบคุมการเจริญเติบโตของวัชพืชและเพิ่มผลผลิตพืช นอกจากนี้ ยังใช้ในการผลิตสารเชลติ้ง ซึ่งจำเป็นในน้ำยาล้างจานและสูตรทำความสะอาดสำหรับจับไอออนโลหะและปรับปรุงประสิทธิภาพการทำความสะอาด การประยุกต์ใช้ยังขยายไปถึงงานวิจัย ที่ซึ่งใช้เป็นสารเคมีชีวภาพในการศึกษาการยับยั้งเอนไซม์และเส้นทางเมแทบอลิซึม