เบนซิลออกซีอะซิติลคลอไรด์ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีต่างๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเคมีอินทรีย์ โดยมักใช้ในการสร้างพันธะเอสเทอร์หรือเอไมด์ ซึ่งเป็นขั้นตอนสำคัญในการผลิตยาหรือสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังสามารถใช้ในการปรับเปลี่ยนโครงสร้างของโมเลกุลเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพหรือคุณสมบัติเฉพาะของสารเป้าหมาย การใช้งานนี้ทำให้เบนซิลออกซีอะซิติลคลอไรด์มีบทบาทสำคัญในกระบวนการวิจัยและพัฒนาผลิตภัณฑ์ใหม่ๆ ในหลายสาขา