เบนซิลออกซีอะซิติลคลอไรด์ใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อนำกลุ่มเบนซิลออกซีอะซิติลเข้าไปในสารประกอบต่างๆ โดยเฉพาะในการผลิตเภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร มันทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการเตรียมส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) และเคมีภัณฑ์ละเอียด สารนี้ยังถูกใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยทำหน้าที่เป็นกลุ่มปกป้องสำหรับกรดคาร์บอกซิลิกหรืออะมีน เพื่อให้เกิดปฏิกิริยาเลือกเฉพาะในระหว่างการประกอบโมเลกุลที่ซับซ้อน นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการพัฒนาโพลิเมอร์เฉพาะทางและสารเคลือบผิว โดยใช้ความสามารถในการทำปฏิกิริยากับกลุ่มไฮดรอกซิลหรืออะมิโนเพื่อปรับเปลี่ยนคุณสมบัติของวัสดุ บทบาทของมันในการสร้างโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพทำให้มีคุณค่าต่อกระบวนการค้นคว้าและพัฒนายา