ใช้เป็นตัวกลางในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตยาและสารประกอบที่มีโครงสร้างซับซ้อน นิยมใช้ในขั้นตอนการป้องกันหมู่ไฮดรอกซิล (protecting group) เนื่องจากหมู่เบนซิลสามารถป้องกันการเกิดปฏิกิริยาที่ไม่ต้องการได้ดี และสามารถถอดออกได้ง่ายภายหลังด้วยวิธีไฮโดรจีเนชัน นอกจากนี้ยังใช้ในสังเคราะห์สารตั้งต้นของผลิตภัณฑ์ทางชีวภาพและสารที่ใช้ในงานวิจัยทางเคมีอินทรีย์