3-Methoxycyclohexene ถูกใช้หลักๆ ในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารตั้งต้นสำหรับการผลิตสารประกอบเคมีที่ซับซ้อนมากขึ้น มักถูกนำไปใช้ในการพัฒนายา โดยทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) นอกจากนี้ สารเคมีนี้ยังถูกใช้ในการสังเคราะห์น้ำหอมและสารปรุงแต่งรสชาติ ซึ่งช่วยในการสร้างโปรไฟล์กลิ่นเฉพาะ ในห้องปฏิบัติการวิจัย 3-Methoxycyclohexene มีคุณค่าในการศึกษากลไกปฏิกิริยาและพัฒนาเส้นทางสังเคราะห์ใหม่ เนื่องจากมีพันธะคู่ที่ทำปฏิกิริยาได้และกลุ่มเมทอกซี่ ความหลากหลายของมันทำให้เป็นส่วนประกอบที่มีประโยชน์ในกระบวนการเคมีต่างๆ โดยเฉพาะในสาขาเคมียารักษาและเคมีอุตสาหกรรม