Cis-3-Aminocyclobutanol hydrochloride ถูกนำไปใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะสารกลางสำคัญสำหรับการพัฒนาสารประกอบเภสัชภัณฑ์หลากหลาย โครงสร้างไซโคลบิวเทนที่เป็นเอกลักษณ์ทำให้มีคุณค่าต่อการออกแบบโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะเจาะจง โดยเฉพาะในการสร้างยาที่มุ่งเป้าไปยังความผิดปกติทางระบบประสาทและการจัดการความเจ็บปวด สารนี้ยังถูกนำไปใช้ในการสังเคราะห์บล็อกก่อสร้างคิรัล ซึ่งจำเป็นสำหรับการผลิตสารบริสุทธิ์ทางเอนานติโอเมอร์ในเคมียารักษา นอกจากนี้ยังมีการประยุกต์ใช้ในการวิจัยที่มุ่งสำรวจปฏิกิริยาเคมีใหม่และเส้นทาง สนับสนุนความก้าวหน้าในการค้นพบและพัฒนายา