2,2-ไดฟลูออโรไซโคลเพนทานามีนถูกนำมาใช้หลักๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลชีวภาพต่างๆ โครงสร้างที่ไม่เหมือนใครซึ่งมีวงแหวนไซโคลเพนเทนที่ถูกไดฟลูออรีน ทำให้มีคุณค่าต่อการออกแบบยาที่มีเสถียรภาพทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมที่ดีขึ้น มักถูกนำเข้าไปในกระบวนการพัฒนายาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง โดยที่อะตอมฟลูออรีนช่วยเพิ่มความสัมพันธ์ในการจับและความเลือกสรรต่อโปรตีนเป้าหมาย นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างในการสังเคราะห์อินทรีย์สำหรับสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีการประยุกต์ใช้ทางบำบัดศักยภาพ