Trans-4-fluorocyclohexan-1-aminehydrochloride ถูกนำมาใช้ในงานวิจัยเภสัชกรรมเป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสังเคราะห์สารชีวภาพต่างๆ ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังความผิดปกติทางระบบประสาท เช่น ยาต้านซึมเศร้าและยาต้านอาการทางจิต โครงสร้างไซโคลเฮกซิลที่มีฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพในโมเลกุลยา นอกจากนี้ ยังใช้ในการศึกษเคมีอินทรีย์เพื่อสำรวจผลกระทบทางสเตอริโอเคมีและกลไกปฏิกิริยา