ไฮโดรไอโอไดด์ของไซโคลเฮกเซนเมทิลเอมีนใช้ในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งเป็นตัวเร่งปฏิกิริยาในการเตรียมสารกลางทางเภสัชภัณฑ์ต่าง ๆ มักใช้ในการสังเคราะห์โมเลกุลที่ซับซ้อนเนื่องจากสามารถทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างโครงสร้างแบบวงแหวน ในเคมียารักษาโรค ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำหรับพัฒนาสารประกอบที่มีคุณสมบัติทางรักษาที่มีศักยภาพ รวมถึงสารที่เล็งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาท นอกจากนี้ ยังใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตร โดยมีส่วนช่วยในการสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช ความเสถียรและปฏิกิริยาของมันทำให้เป็นส่วนประกอบที่มีคุณค่าต่อในห้องปฏิบัติการวิจัยสำหรับสำรวจปฏิกิริยาเคมีและเส้นทางใหม่ ๆ