ไซโคลเฮกซิล ไอโซไซยาเนตใช้หลักในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ต่างๆ โดยเฉพาะในการผลิตสารเคมีเกษตรและเภสัชภัณฑ์ ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสร้างสารกำจัดวัชพืช สารกำจัดเชื้อรา และยาฆ่าแมลง ซึ่งช่วยในการป้องกันพืชผลที่มีประสิทธิภาพ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม ใช้ในการพัฒนาส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) และสารประกอบที่เกี่ยวข้องกับยาอื่นๆ นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในการผลิตสารเคมีพิเศษ รวมถึงสารเคลือบ สารยึดติด และอีลาสโตเมอร์ ซึ่งช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความทนทาน ความสามารถในการทำปฏิกิริยากับอะมีนและแอลกอฮอล์ทำให้มีคุณค่าในเคมีโพลิเมอร์สำหรับการสร้างโพลิยูรีเทนและวัสดุขั้นสูงอื่นๆ การจัดการที่เหมาะสมจำเป็นเนื่องจากมีความอันตราย