เอทอกซีเมทิลีนมาโลโนไนไตรล์เป็นสารเคมีที่ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบเฮเทอโรไซคลิกต่างๆ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมยาและเกษตรเคมี สารนี้มีบทบาทสำคัญในการสร้างอนุพันธ์ไพรีมีดีน ซึ่งจำเป็นสำหรับการพัฒนายาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการเตรียมสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าเชื้อรา ซึ่งช่วยในการปกป้องพืชผลและเพิ่มผลผลิตทางการเกษตร ความสามารถในการทำปฏิกิริยาและการสร้างโครงสร้างที่ซับซ้อนทำให้สารนี้มีคุณค่าในการสังเคราะห์อินทรีย์ สามารถสร้างสารเคมีหลากหลายที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ