เบนซัลมาโลโนไนไทรล์ใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีหลายชนิด โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมยาและเกษตรกรรม มันเป็นสารตั้งต้นสำคัญในการผลิตสารกำจัดศัตรูพืชและยาปราบวัชพืช นอกจากนี้ยังใช้ในกระบวนการผลิตสีย้อมและสารเรืองแสง ในทางเภสัชวิทยา มันถูกนำไปใช้ในการสร้างโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาต้านมะเร็งและยาต้านจุลชีพ เนื่องจากโครงสร้างของมันมีความสามารถในการทำปฏิกิริยาได้หลากหลาย ทำให้เป็นสารที่มีประโยชน์ในงานวิจัยและพัฒนาทางเคมี