สารนี้ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในด้านชีวภาพและเภสัชวิทยา โดยเฉพาะในกระบวนการติดตามและศึกษาโมเลกุลภายในเซลล์ เนื่องจากมีคุณสมบัติเรืองแสงของ Cy5 ทำให้สามารถใช้เป็นเครื่องมือในการติดฉลากและติดตามโมเลกุลเป้าหมายได้อย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ยังมีการใช้งานในเทคนิคการถ่ายภาพทางชีวภาพ (bioimaging) เพื่อศึกษาการกระจายตัวและการเคลื่อนที่ของโมเลกุลในเซลล์หรือเนื้อเยื่อ อีกทั้งยังถูกนำไปใช้ในกระบวนการเชื่อมต่อโมเลกุล (click chemistry) ผ่านกลุ่ม DBCO ที่สามารถทำปฏิกิริยาได้อย่างรวดเร็วและเฉพาะเจาะจงกับโมเลกุลที่มีกลุ่ม azide ทำให้เหมาะสำหรับการสร้างสารประกอบเชิงซ้อนหรือการปรับเปลี่ยนโมเลกุลในระบบชีวภาพ นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในงานวิจัยที่เกี่ยวข้องกับการส่งส่งยา (drug delivery) และการพัฒนาวัคซีน โดยการนำสารนี้มาใช้เป็นส่วนหนึ่งของระบบนำส่งเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการเข้าถึงเป้าหมายภายในร่างกาย