N-(Propargyl-PEG2)-N-Boc-PEG3-t-butyl ester ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในกระบวนการสังเคราะห์ทางเคมี โดยเฉพาะในด้านเคมีชีวภาพและเภสัชวิทยา เนื่องจากโครงสร้างที่มีกลุ่ม PEG และกลุ่ม Boc ช่วยให้สารนี้มีความสามารถในการละลายและความเข้ากันได้ดีกับระบบชีวภาพ มักใช้เป็นตัวกลางในการสังเคราะห์โมเลกุลที่ซับซ้อน เช่น การสร้างเปปไทด์หรือโปรตีนที่มีการดัดแปลงทางเคมี นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีความเฉพาะเจาะจงสูง เช่น การสร้างโมเลกุลสำหรับการนำส่งยา (drug delivery) และการพัฒนาวัสดุชีวภาพ (biomaterials) กลุ่ม Propargyl ในโครงสร้างยังช่วยอำนวยความสะดวกในการทำปฏิกิริยา Click Chemistry ซึ่งเป็นเทคนิคที่นิยมใช้ในการเชื่อมโยงโมเลกุลต่าง ๆ เข้าด้วยกันอย่างมีประสิทธิภาพ