สารนี้ถูกนำไปใช้ในการสังเคราะห์และปรับเปลี่ยนโมเลกุลในกระบวนการทางเคมีชีวภาพ โดยเฉพาะในการสร้างพันธะเคมีระหว่างโมเลกุลที่มีความซับซ้อนสูง เช่น ในขั้นตอนการสร้างเปปไทด์หรือโปรตีน กลุ่ม Boc (tert-butoxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันที่สามารถกำจัดออกได้ในภายหลัง เพื่อให้สามารถสร้างพันธะเคมีที่ต้องการได้อย่างแม่นยำ ส่วน PEG4 (polyethylene glycol) ช่วยเพิ่มความสามารถในการละลายของสารในตัวทำละลายที่เป็นน้ำ และยังช่วยลดการจับตัวของโมเลกุลที่ไม่ต้องการอีกด้วย นอกจากนี้ กลุ่ม propargyl ยังสามารถใช้ในปฏิกิริยา click chemistry ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่มีประสิทธิภาพสูงและมีความจำเพาะเจาะจง ทำให้สารนี้มีประโยชน์ในการพัฒนายาและการศึกษาทางชีววิทยาโมเลกุล