ใช้ BDP FL alkyne เป็นตัวติดฉลากทางชีวภาพในงานวิจัยชีวโมเลกุล โดยเฉพาะในการถ่ายภาพเซลล์และการติดตามโปรตีนหรือกรดนิวคลีอิกในระบบชีวภาพ เนื่องจากมีคุณสมบัติเรืองแสงที่เข้มชัดและเสถียร ทำให้เหมาะสำหรับการตรวจจับด้วยไมโครสโคปฟลูออเรสเซนส์ สามารถใช้ร่วมกับปฏิกิริยา click chemistry เพื่อจับคู่กับโมเลกุลที่มีกลุ่ม azide ได้อย่างมีประสิทธิภาพ จึงนิยมใช้ในงานศึกษาการกระจายตัวของโมเลกุลภายในเซลล์และการวิเคราะห์ปฏิสัมพันธ์ระหว่างโมเลกุลชีวภาพ