4,4,4-trifluorocrotonamide ถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความสำคัญในอุตสาหกรรมยา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการพัฒนายาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ โมเลกุลนี้มักถูกใช้เป็นสารตั้งต้นหรือสารกลางในการผลิตสารประกอบที่มีโครงสร้างซับซ้อน ซึ่งอาจมีฤทธิ์ต้านมะเร็ง ต้านเชื้อจุลินทรีย์ หรือมีคุณสมบัติทางเภสัชวิทยาอื่น ๆ นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาการนำไปใช้ในการพัฒนาวัสดุที่มีคุณสมบัติพิเศษ เช่น โพลิเมอร์หรือสารเคลือบที่มีความทนทานต่อสารเคมีและความร้อน