5-Methoxypicolinimidamide hydrochloride ถูกนำมาใช้ในการวิจัยทางเภสัชวิทยาและเคมีอินทรีย์ โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีที่มีศักยภาพในการเป็นยา มักใช้เป็นสารตั้งต้นหรือสารกลางในการพัฒนายาต้านจุลชีพหรือสารต้านไวรัส เนื่องจากโครงสร้างทางเคมีที่มีส่วนประกอบของไพริดีนและหมู่เมทอกซี ซึ่งอาจช่วยเพิ่มประสิทธิภาพในการออกฤทธิ์ทางชีวภาพ นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาการนำไปใช้ในกระบวนการปรับแต่งโมเลกุลเพื่อเพิ่มความจำเพาะและประสิทธิภาพของสารออกฤทธิ์ทางยา