N-Boc-1,6-hexanediamine hydrochloride ใช้กันอย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ในฐานะสารกลางไดอะมีนที่ได้รับการป้องกัน โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีคุณค่าต่อเคมีเพปไทด์ ซึ่งกลุ่ม Boc (tert-butoxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับฟังก์ชันอะมีน ช่วยให้สามารถทำปฏิกิริยาแบบเลือกสรรที่ตำแหน่งอื่นได้ สารนี้ยังถูกนำมาใช้ในการเตรียมโพลีเอไมด์ โพลียูรีเทน และโพลิเมอร์อื่นๆ โดยทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานเพื่อนำสายเฮกเซนเข้าไปในโครงสร้างหลักของโพลิเมอร์ นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการสังเคราะห์ยาเคมีเกษตร และสารเคมีพิเศษ ซึ่งฟังก์ชันไดอะมีนคู่ของมันจำเป็นสำหรับการสร้างโครงสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน รูปแบบไฮโดรคลอไรด์ช่วยเพิ่มความเสถียรและความละลาย ทำให้จัดการได้ง่ายขึ้นในกระบวนการเคมีต่างๆ