ใช้เป็นสารเคมีที่ปรับเปลี่ยนโปรตีนที่มีประสิทธิภาพสูงในงานวิจัยด้านชีววิทยาเคมีและโปรเทโอมิกส์ การประยุกต์ใช้หลักคือการติดฉลากแบบโคเวเลนต์ของโปรตีน โดยเฉพาะสำหรับการระบุและจำแนกจุดที่ทำงานของเอนไซม์ กลุ่มซัลโฟนิลฟลูออไรด์ทำปฏิกิริยาเลือกสรรกับกรดอะมิโนนิวคลิโอฟิลิก เช่น ไลซีน ไทโรซีน และเซรีน ทำให้มีคุณค่าต่อการยับยั้งแบบถาวรและการศึกษาการมีส่วนร่วมของเป้าหมาย เนื่องจากความเสถียรในสภาพแวดล้อมน้ำและความเลือกสรรที่ดี จึงเป็นส่วนประกอบสำคัญในการพัฒนาโพรบสำหรับการโปรไฟล์โปรตีนตามกิจกรรม (ABPP) นอกจากนี้ยังใช้ในการสังเคราะห์ตัวยับยั้งแบบโคเวเลนต์สำหรับการค้นพบยา ซึ่งช่วยในการศึกษาฟังก์ชันของโปรตีนและการตรวจสอบเป้าหมายบำบัด