4-Iodophenyl isothiocyanate ใช้หลัก ๆ เป็นสาร derivatizing ในเคมีวิเคราะห์ โดยทำปฏิกิริยากับเอมีน กรดอะมิโน และเปปไทด์ เพื่อสร้างอนุพันธ์ thiourea ที่เสถียร ช่วยในการระบุและวัดปริมาณด้วยเทคนิคเช่น HPLC หรือ mass spectrometry นอกจากนี้ยังใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบ heterocyclic และในการเตรียมโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพสำหรับการวิจัยเภสัชกรรม เพิ่มเติม ใช้เป็นสารติดฉลากใน proteomics สำหรับศึกษาการโต้ตอบและการดัดแปลงของโปรตีน