ฟลูออเรสซามีนถูกใช้อย่างแพร่หลายในการวิเคราะห์ทางชีวเคมีและชีววิทยาโมเลกุล โดยเฉพาะในการตรวจวัดและติดตามโปรตีนและเปปไทด์ เนื่องจากมีความไวสูงและสามารถทำปฏิกิริยาได้อย่างรวดเร็วกับหมู่เอมีนหลัก (primary amines) โดยไม่จำเป็นต้องใช้ตัวเร่งปฏิกิริยา ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีประโยชน์ในการวิเคราะห์ตัวอย่างทางชีวภาพ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการตรวจสอบคุณภาพของผลิตภัณฑ์อาหารและยา เพื่อวัดปริมาณโปรตีนหรือเปปไทด์ที่มีอยู่ในตัวอย่าง ฟลูออเรสซามีนยังถูกใช้ในงานวิจัยทางวิทยาศาสตร์ เช่น การศึกษากลไกการทำงานของเอนไซม์และการวิเคราะห์โครงสร้างโปรตีน เนื่องจากให้ผลการตรวจวัดที่แม่นยำและรวดเร็ว