ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีที่เป็นสารตั้งต้นในการผลิตยา โดยทำหน้าที่เป็นตัวป้องกันหมู่อะมิโน (amine protecting group) ในขั้นตอนการสร้างโครงสร้างของสารที่มีไนโตรเจน เช่น ในการสังเคราะห์เพปไทด์หรือสารประกอบเฮเทอโรไซคลิก เนื่องจากกลุ่ม tert-butoxycarbonyl (Boc) มีความเสถียรภายใต้สภาวะบางอย่างและสามารถถอดออกได้ภายใต้สภาวะกรดอ่อน ทำให้ควบคุมปฏิกิริยาได้อย่างมีเลือกสรรได้มากขึ้น ส่งผลให้ได้ผลิตภัณฑ์บริสุทธิ์และมีผลผลิตสูง