ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการเตรียมยาปฏิชีวนะเบต้า-แลคตาม ทำหน้าที่เป็นหมู่ป้องกันสำหรับอะมีนในปฏิกิริยาอินทรีย์หลายขั้นตอน ช่วยให้เกิดปฏิกิริยาเลือกเฉพาะที่ตำแหน่งฟังก์ชันอื่นๆ หมู่คลอโรอะซิติลช่วยให้เกิดการแทนที่ด้วยนิวคลีโอไฟล์เพิ่มเติม ทำให้มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลยาที่ซับซ้อน นิยมใช้ในงานวิจัยสำหรับพัฒนาส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) ที่ต้องการการควบคุมปฏิกิริยาของอะมีน