ใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการเตรียมเปปไทด์ชีวภาพที่ซับซ้อนซึ่งการควบคุมสเตอริโอเคมีมีความสำคัญ หมู่ Fmoc ให้การป้องกันแบบออร์โธกอนอลสำหรับหมู่อะมีน ช่วยให้สามารถประกอบเปปไทด์แบบขั้นตอนโดยใช้วิธีเฟสของแข็งหรือเฟสละลาย การมีหมู่ 3-ไฮดรอกซีบนวงแหวนฟีนิลให้จุดสำหรับการดัดแปลงเพิ่มเติม เช่น การไกลโคซิเลชันหรือการฟอสโฟรีเลชัน ทำให้สามารถสังเคราะห์ไกลโคเปปไทด์หรือซับสเตรตของเอนไซม์ได้ การกำหนดค่า D (D-configuration) ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบเปปไทด์ที่เสถียรต่อการเผาผลาญทางเมแทบอลิซึม มักใช้ในเคมีเภสัชกรรมเพื่อพัฒนาอนาล็อกที่ต้านทานโปรติเอสหรือเปปไทโดมิมเมติกส์ ใช้กันอย่างแพร่หลายในงานวิจัยที่เกี่ยวข้องกับการค้นพบยา โดยเฉพาะสำหรับเป้าหมายที่เกี่ยวข้องกับฮอร์โมนเปปไทด์หรือโมเลกุลส่งสัญญาณ