Guanidinoethyl sulfonate มีการใช้งานหลักในด้านการวิจัยทางชีววิทยาและชีวเคมี โดยเฉพาะในการศึกษากระบวนการทางเมตาบอลิซึมของเซลล์ มันถูกใช้เป็นสารยับยั้งการขนส่งทอรีน (taurine transporter) ซึ่งช่วยในการทำความเข้าใจบทบาทของทอรีนในเซลล์และเนื้อเยื่อต่างๆ นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในการศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างการขาดทอรีนกับภาวะทางสุขภาพบางอย่าง เช่น โรคหัวใจและหลอดเลือด รวมถึงภาวะความผิดปกติของระบบประสาท ในงานวิจัยทางเภสัชวิทยา Guanidinoethyl sulfonate ยังถูกใช้เพื่อพัฒนายาใหม่ๆ ที่เกี่ยวข้องกับการปรับสมดุลของทอรีนในร่างกาย