ใช้เบกานามัยซินในการรักษาการติดเชื้อแบคทีเรีย โดยเฉพาะเชื้อที่ดื้อยาต่อสารปฏิชีวนะชนิดอื่น มักใช้ในกรณีการติดเชื้อระบบทางเดินหายใจ ระบบทางเดินปัสสาวะ และการติดเชื้อในกระแสเลือด อย่างไรก็ตาม เนื่องจากมีความเป็นพิษต่อไตและหู การใช้จึงต้องระมัดระวังและอยู่ภายใต้การควบคุมของแพทย์เท่านั้น