ไมโครโนมิซินซัลเฟตใช้เป็นยาปฏิชีวนะสำหรับรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียชนิดรุนแรง โดยเฉพาะการติดเชื้อที่ดื้อต่อยาปฏิชีวนะชนิดอื่น มักใช้ในกรณีที่ผู้ป่วยไม่สามารถใช้ยาอื่นได้เนื่องจากผลข้างเคียงหรือการแพ้ยา นอกจากนี้ ยังมีการใช้ในผู้ป่วยที่มีภาวะภูมิคุ้มกันบกพร่อง หรือผู้ป่วยที่ได้รับการปลูกถ่ายอวัยวะ เพื่อป้องกันและรักษาการติดเชื้อหลังการผ่าตัด ไมโครโนมิซินซัลเฟตมีประสิทธิภาพสูงในการต่อต้านแบคทีเรียแกรมลบ และบางชนิดของแบคทีเรียแกรมบวก แต่ต้องใช้ภายใต้การดูแลของแพทย์อย่างเคร่งครัดเพื่อหลีกเลี่ยงผลข้างเคียงที่อาจเกิดขึ้น เช่น ความเสียหายต่อไตและหู