สเปคติโนมัยซิน ไดไฮโดรคลอไรด์ ใช้หลัก ๆ เป็นยาปฏิชีวนะในทางการแพทย์สัตว์และมนุษย์ ในด้านการแพทย์สัตว์ มีประสิทธิภาพในการรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียในปศุสัตว์ โดยเฉพาะการติดเชื้อทางเดินหายใจและทางเดินอาหารในวัว หมู และสัตว์ปีก นอกจากนี้ยังใช้ควบคุมการระบาดของโรคเช่น ซัลโมเนลโลซิส และโคไลบาซิโลซิส ในสัตว์ ในทางการแพทย์มนุษย์ ใช้รักษาโรคหนองใน โดยเฉพาะกรณีที่ดื้อยาเพนิซิลลิน กลไกการออกฤทธิ์คือการยับยั้งการสังเคราะห์โปรตีนของแบคทีเรีย ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในการต่อสู้กับการติดเชื้อแบคทีเรีย นอกจากนี้ บางครั้งใช้ในงานวิจัยเป็นสารเลือกเฉพาะในงานทดลองชีววิทยาโมเลกุลเพื่อศึกษากลไกการดื้อยาของแบคทีเรีย การใช้ยานี้ต้องอยู่ภายใต้การดูแลของแพทย์เพื่อป้องกันการดื้อยาและผลข้างเคียงที่อาจเกิดขึ้น